Амгинская педагогическая гимназия открыта 15 июня 1993 года по приказу № 01-06/534 Министерства образования Республики Саха (Якутия). По Указу №60 Президента Республики по Саха (Якутия) М.Е. Николаева от 31 марта 1997 года Амгинская гимназия была включена в Сеть Президентских школ РС (Я) и начала активно сотрудничать с передовыми школами республики. Гимназия становится опорной школой Министерства образования РС(Я), ИПКРО.
Указом №1406 Президента Республики Саха (Якутия) В.А. Штырова от 30 апреля 2009 г. гимназии присвоено имя основателя сибирской школы магнитологов, академика Академии наук СССР, депутата Верховного Совета СССР, Героя Социалистического труда Леонида Васильевича Киренского. Этим же Указом гимназия переименована в МОУ — Амгинская гимназия имени академика Л.В. Киренского.
По приказу МО РС (Я) №01-06/1363 от 08.05.2013 г., в рамках реализации программы «Развитие образования Республики Саха (Якутия) на 2012-2016 г.г.», утвержденной Указом Президента РС (Я) от 12 октября 2011 г. №973, гимназия становится пилотной школой проекта «Школьные технопарки как ресурс инженерного образования в РС(Я)» в числе 4 школ республики.
В мае 2013 года гимназия защитила «Концепцию лицейского образования» и была реорганизована в Амгинский лицей.
Лицей – школа с углубленным изучением математики, физики, информатики, химии, биологии, ресурсный центр по политехническому образованию, проектно-исследовательской деятельности учащихся улуса, республиканская инновационная площадка по STEM-образованию, школа-спутник Международной арктической школы. В 2015 г. лицей вошел в перечень «ТОП-200» лучших сельских школ России, который проводится Московским центром непрерывного математического образования при информационной поддержке проекта «Социальный навигатор» МИА "Россия сегодня" и "Учительской газеты" при содействии Министерства образования и науки РФ.
В 2007, 2008, 2011, 2014, 2015 г.г. лицей становился победителем конкурсов для общеобразовательных организаций, реализующих инновационные проекты, является обладателем грантов Минобрнауки РФ, Президента Республики Саха (Якутия), Главы Республики Саха (Якутия), Главы МР «Амгинский улус (район)». Грантовые средства позволили модернизировать материально-техническую базу лицея: были приобретены современное компьютерное и интерактивное оборудование, лицензии программной продукции.
Амгинский лицей также является членом Партнерства ««Развитие образовательных учреждений с политехнической направленностью» Республики Саха (Якутия), которое было создано в 2011 году. В Партнерство входят 42 школы из 16 улусов республики.
С 2018 г. Амгинским лицеем реализуется программа дополнительного образования авиакосмической направленности «Старт в космос!» для обучающихся школ Республики Саха (Якутия) на основании договора о сотрудничестве между Московским авиационным институтом и Амгинским лицеем имени академика Л.В. Киренского. Проект реализуется при поддержке Главы РС (Я) Айсена Сергеевича Николаева. С 2019 г. Амгинский лицей является базовой школой Академии наук Республики Саха (приказ №364/18 от 05.06.2019г.).